本校位於基隆市七堵區堵南里，早年交通極為不便，居民多以農、工為生，對外聯繫僅靠一條狹窄的泥土道路當時附近營區軍用卡車也以此為必經之路，晴天時塵埃蔽天，雨天則泥水四濺，這種道路狀況，對於前往五堵國小就讀的本區小學生而言，造成很大困擾，尤其途中又需經過一座吊橋，更增加家長對子弟們安全的憂慮，於是全體家長群起連署，並推派余三同先生等地方人士赴市府 洽商設校事宜。

        當此之時，正逢礦業鉅子李建興先生前來開發三合煤礦，礦工子弟日益增多，建校一事更形迫切與重要，後經關心教育之地方仕紳屢次向市府爭取，再加上三合煤礦負責人李建興先生熱誠提供六分多地做為校地，市府終於同意於民國四十四年先設分班，次年派余三財先生為建校籌備主任展開建校工作，民國四十六年九月堵南國小正式成立，學生暫借余家公廳及李根在先生私宅授課，民國四十七年五月，校舍工程在余三財主任苦心擘畫及家長傾力協助下終於順利落成。隨著時光遷移，堵南里漸趨繁榮，由於本區地勢平坦，又為往來基隆港與台北市必經之地，因此，貨櫃場在近幾年內次第設立，雖為本地區帶來財富，但也為本校產生了新問題--噪音，由於高速公路五堵交流道經過本校門口，每天來往的貨櫃車所產生的隆隆噪音以嚴重影響了老師的教學與學生的學習，上課用擴音器，窗戶設隔音窗皆不能有效改善，因此，自民國七十七年起，有了遷校計畫，經數年的籌畫、協調，終於在民國八十二年八月十五日順利完成遷校，為師生提供優美的教學環境，脫離貨櫃車噪音之干擾。

歷任首長或校長

1.  民國四十四年九月      成立五堵國小堵南分班由  宋月 女士  擔任分班主任
2.  民國四十五年九月      余三財 先生   接任建校籌備主任
3.  民國四十六年九月      正式設立為基隆市堵南國民小學並派 余三財 先生  為首任校長
4.  民國四十七年五月      校舍落成並啟用
5.  民國五十一年十月     余英俊 先生接任校長
6.  民國六十    年一月     振   中 先生接任校長
7.  民國六十三年十月     張瑞祥 女士接任校長
8.  民國六十七年八月     張月梅 女士接任校長
9.  民國七十二年九月     楊幼卿 先生接任校長
10.民國七十八年八月     蔡錦庭 先生接任校長
11.民國八十二年九月     林辰崇 先生接任校長
12.民國八十七年八月     楊茂瑞 先生接任校長
13.民國九十    年八月     黃正昆 先生接任校長
14.民國九十四年八月     郭金發 先生接任校長
15.民國一零一年八月     趙蕙芬 女士接任校長
16.民國一零七年八月     胡智強 先生接任校長