學校沿革：
本校位於基隆市七堵區堵南里，早年交通不便，居民多以農、工為生，對外僅靠一條狹窄泥土道路。當時附近營區軍用卡車必經此路，晴天塵土飛揚，雨天泥濘難行，學童前往五堵國小就讀十分困難，途中更需經吊橋，增加家長對子弟安全的憂慮。於是全體家長群起連署，並推派余三同先生等地方人士赴市府洽商設校。
適逢礦業鉅子李建興先生開發三合煤礦，礦工子弟日益增多，建校更為迫切。經地方仕紳屢次爭取，加上李建興先生熱誠提供六分多地為校地，市府終同意於民國四十四年設分班，次年派余三財先生為建校籌備主任。民國四十六年九月堵南國小正式成立，學生暫借余家公廳及李根在先生私宅上課。民國四十七年五月，校舍落成啟用。
隨著堵南里逐漸繁榮，貨櫃場次第設立，帶來財富同時產生噪音問題。因五堵交流道經過校門口，貨櫃車噪音嚴重影響教學，雖用擴音器與隔音窗仍無法改善。自民國七十七年起規劃遷校，經多年籌劃協調，於民國八十二年八月十五日完成遷校，提供優美環境，遠離噪音干擾。
歷任首長或校長：
1. 民國44年9月 成立五堵國小堵南分班 宋月 女士 分班主任
2. 民國45年9月 余三財 先生 建校籌備主任
3. 民國46年9月 基隆市堵南國民小學正式成立 余三財 先生 首任校長
4. 民國47年5月 校舍落成啟用
5. 民國51年10月 余英俊 先生 校長
6. 民國60年1月 振中 先生 校長
7. 民國63年10月 張瑞祥 女士 校長
8. 民國67年8月 張月梅 女士 校長
9. 民國72年9月 楊幼卿 先生 校長
10. 民國78年8月 蔡錦庭 先生 校長
11. 民國82年9月 林辰崇 先生 校長
12. 民國87年8月 楊茂瑞 先生 校長
13. 民國90年8月 黃正昆 先生 校長
14. 民國94年8月 郭金發 先生 校長
15. 民國101年8月 趙蕙芬 女士 校長
16. 民國107年8月 胡智強 先生 校長